種苗法の品種登録について、品種登録出願システムで出願できます。2020年現在、出願の4割が電子出願と言われています。これまでは、申請書の作成+納付機能のみで、添付書類については、PDFデータで作成する必要する必要がありましたが、2020年3月からは、添付書類にとして作成していた項目も、直接入力できるようになります。
農林水産省品種登録ホームページ
品種登録の流れ
種苗法における品種登録の流れは以下のとおりです。

出願は、農林水産大臣あてに品種登録願を出願(申請)します。
願書には、
❶出願品種の特性等を記載した「説明書」
❷植物体の写真
等の添付が必要です。その他、以下のような書類が必要しなる場合があります。
なお、出願料(国に納付する手数料)47200円で、収入印紙を添付して納付します。

出願後は、次のような流れで、❶特性審査(栽培試験、現地調査、資料調査)、❷名称の審査、❸未譲渡性審査など、出願された作物の調査・審査が行われます。

品種登録されると、当該品種について育成者権という知的財産権が発生します。
育成者権とは、
種苗、収穫物、加工品について「登録品種及び登録品種と特性により区別されない品種を利用する権利を独占」する 権利のことです。
種苗 | 収穫物 | 加工品 | |
生産 | ○ | ○ | ○ |
調整 | ○ | ー | ー |
譲渡の申し出 | ○ | ○ | ○ |
貸渡の申し出 | ー | ○ | ○ |
譲渡 | ○ | ○ | ○ |
貸渡 | ー | ○ | ○ |
輸出 | ○ | ○ | ○ |
輸入 | ○ | ○ | ○ |
保管(上記目的の保管) | ○ | ○ | ○ |
権利の存続期間は25年乃至30年(樹木類は30年)です。
権利の存続期間 | 種類 |
30年 | 樹木(果樹、林木、鑑賞樹等の木本性植物) |
25年 | 上記以外 |
品種登録制度の解説については、こちらの農林水産省の資料をご覧ください。

代理人で出願可能
種苗登録については、代理申請(出願)することができます。行政書士は法律(行政書士法)に基づき、代理申請することが可能です。
なお、行政書士や弁理士以外のコンサルタント等が有料で申請(出願)代理することは、違法ですので、ご注意ください。
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